Gründungsjahre
Am 15. Mai 1865 wurde die Königlich Rheinisch-Westphälische Polytechnische Schule zu Aachen gegründet. In den darauf folgenden Jahren organisierte sich der Studentenbetrieb auch in Form von Verbindungen, die vor allem nach Herkunft der Mitglieder bezeichnet wurden.
Der Vorläufer von Marko-Guestphalia, das Corps Guestphalia, wurde am 2. Dezember 1871 von drei Studenten anderer technischer Hochschulen gegründet, die ihr Studium in Aachen aufgenommen hatten: Granados (Corps Alemannia Karlsruhe), Schmidt- Tychsen (Corps Saxonia Hannover) und Danco (Corps Saxonia Hannover). Das Corps (Marko-)Guestphalia ist damit das älteste Corps in Aachen.
Nach der Jahrhundertwende
In den Folgejahren entwickelte sich der Studienbetrieb in Aachen wieder so gut, dass die RWTH ab Mitte der 20er Jahre stark expandiert. In dieser Zeit wurde auch ein Architektenwettbewerb ausgelobt, mit dem Ziel Marko-Guestpahlia ein eigenes Corpshaus zu bauen. Alle klassischen Entwürfe wurden verworfen und man entschied sich für einen Entwurf von Carl Kersten, der der bekannten Stuttgarter Schule angehörte. Das Corpshaus wurde am 3. Juli 1926 eingeweiht.
Das Corps zur NS-Zeit
Im Jahre 1933 wurde unter dem Druck der NS-Regierung wie überall sonst auch in den Studentenverbänden, auch im WSC, der „Ariergrundsatz“ eingeführt. Als man 1934 zudem den Ausschluss der „Judenstämmlinge und jüdisch Versippten“ aus den Verbindungen forderte, boten die jüdischen Corpsbrüder der Marko-Guestphalia den Austritt an, um das Corps nicht zu gefährden. 1934 wurden dann auf Anordnung des Reichsführers der Studenten alle Verbindungen in nationalsozialistische (NS-) Kameradschaften überführt.
Das Studentenleben ließ sich zu dieser Zeit noch so gestalten wie man es vorher durchführte, jedoch nahmen militärische Übungen innerhalb kürzester Zeit deutlich zu und die Studienpläne erlebten eine starke Veränderung.
Ein Jahr später beschließt der WSC am 20. Oktober 1935 seine Auflösung. Gleiches findet für die Marko-Guestphalia statt. Der sogenannte Feierliche Corpsburschenconvent (FCC) beschließt die Auflösung des Corps. Die Aktiven und Inaktiven werden in die AHV (AlteHerren Verband) übernommen. Die AHV nennt sich "Vereinigung ehemaliger Marko- Guestphalen". Band und Mütze des Corps werden weiter getragen. Die aktiven Studenten und ehemaligen Corpsburschen werden Mitglieder des NS-Deutschen-Studentenbund (NSDStB).
Am 30. November 1941 wird die Altherrenschaft der Marko-Guestphalia in die Kameradschaft Klonk überführt und bald darauf das Corpshaus auf die Kameradschaft Klonk übereignet. Das ehemalige Corps betreibt in einem letzten freiheitlichen Aufbäumen noch einen Namenswechsel auf „Arminius" anstelle der Bezeichnung "Kameradschaft Klonk“ (Arminius bezwang die Römer in der „Varus-Schlacht“).
Neugründung nach dem 2. Weltkrieg
Nach Kriegsende finden die ehemaligen studentischen Mitglieder der „Arminius“ auf dem Corpshaus der Marko-Guestphalia ein, reparieren das schwerbeschädigte Haus während der nächsten Jahre und nehmen ab WS 1945/46 wieder am Hochschulbetrieb teil.
Ab 25. Februar 1948 darf mit Genehmigung des britischen Hochschuloffiziers eine Studentenverbindung mit dem Namen „Corona Academica“ auf dem (Corps-)haus tätig werden. Im Juli 1950 wird das Corps Marko-Guestphalia wieder gegründet.
Das Corps in der Neuzeit
1985 trat das Corps Marko-Guestpahlia aus dem sogenannten Aachener Waffenring, einem Zusammenschluss aller schlagenden Verbindungen in Aachen, aufgrund deutlicher politischer Äußerungen bestimmter Verbindungen aus.
Am 12. Oktober 1996 fusioniert Marko-Guestphalia mit Corps Albingia Aachen. Der Name bleibt Marko-Guestphalia. Mit der Fusion wird das Corps eines der Mitgliederstärksten im WSC.
Albingia wurde am 23. Januar 1889 in Dresden als Veterinärmedizinische Verbindung an der Königlich-Sächsischen Tierarznei-Schule Dresden gegründet.